Lorsque les Berruyers accueillent le nouveau gouverneur et capitaine de la Grosse Tour, Henri II de Bourbon, prince de Condé, en 1616, la ville n'est plus qu'un centre administratif dont un bon nombre de monuments et d'ouvrages fortifiés sont dégradés, l'économie exsangue et la population affaiblie par les épidémies de peste.
L'Eglise de Bourges et le prince de Condé soutiennent la Contre-Réforme, encourageant l'installation de nouvelles communautés religieuses (Minimes, Carmel, Oratoriens, Ursulines, etc), les reconstructions d'abbayes (Saint-Ambroix, Saint-Sulpice, Saint-Laurent) et les restaurations de couvents et d'églises.
C'est au collège des Jésuites, construit dans les années 1620 d'après les plans du père Martellange, qu'est éduqué Louis de Bourbon-Condé. Devenu à son tour gouverneur du Berry, il mêlera la ville aux événements de la Fronde. Cet échec se soldera par la destruction de la Grosse Tour, en 1653, au grand soulagement de la population qui y voyait le symbole de la guerre civile. Le pouvoir local sera désormais aux mains des intendants du roi.
L'architecte berruyer Jean Lejuge, actif à Bourges de 1620 à 1650, répond à de nombreuses commandes religieuses et municipales. La galerie de l'hôtel des Echevins, l'hôtel du Bureau des Finances entre cour et jardin, selon le type parisien, la reconstruction des abbayes Saint-Sulpice et Saint-Ambroix, les bâtiments ajoutés à l'Hôtel-Dieu, la chapelle Saint-Roch, etc, ainsi que les hôtels qui s'inspireront ultérieurement de son oeuvre, donnent à Bourges un bel ensemble d'architecture classique.
Archevêque de Bourges en 1677, Michel Phélippeaux de la Vrillière fait appel à un célèbre architecte parisien, Pierre Bullet, pour reconstruire un palais archiépiscopal digne de ses ambitions.
Face au portail sud de la cathédrale, se déploie la seule aile réalisée de ce projet inachevé qui devait être "une des merveilles de ce siècle" (actuellement occupée par l'hôtel de ville). Le jardin à la française prévu pour l'accompagner ne sera aménagé qu'en 1733.
Dans ce périmètre de la ville haute où se concentreront toujours les édifices du pouvoir, se trouve aussi le grand séminaire (actuel centre administratif) construit sur les plans de Pierre Bullet à la fin du XVIIe siècle.
Marché agricole dépérissant, place forte dont les remparts sont ruinés, Bourges ne s'ouvre pas davantage sur les échanges extérieurs. Les intendants royaux qui se succèdent constatent l'absence d'esprit d'entreprise des Berruyers et la pauvreté de la population. Dans les dernières années du XVIIe siècle, l'intendant Dey de Séraucourt crée des ateliers de charité et emploie 600 personnes pour niveler le terrain de ce qui deviendra l'esplanade Séraucourt. Au cours du XVIIIe siècle, des manufactures de draps et d'étoffes, "d'indiennes" et de coutellerie tentent de s'implanter sans grand succès.
La Révolution entraîne, comme ailleurs, la désaffectation des édifices religieux, la dispersion totale du mobilier cultuel et un changement momentané du nom des rues et des places.
Le clergé affaibli ne jouera plus le rôle de mécène, le patrimoine immobilier religieux, si important à Bourges, se trouvera à l'abandon (sauf la cathédrale et les trois églises paroissiales).
Dans une population stable de 16 000 habitants, la bourgeoisie forme la classe dirigeante et riche de ce chef-lieu départemental.
La préfecture industrielle et commerciale